הנדסת מחשבים ותוכנה ככלל היא מקצוע, שתוכנית הלימודים בו דומה למדי לתוכנית הלימודים של הנדסת חשמל ואלקטרוניקה, עם התמחות במחשבים. בטכניון, למשל, לומדים הסטודנטים בפקולטה להנדסת חשמל ואלקטרוניקה שנתיים, שאחריהן יחליטו אם ברצונם להתמחות בהנדסת חשמל ואלקטרוניקה, בהנדסת תוכנה או בהנדסת מחשבים; באוניברסיטת תל אביב שייך החוג להנדסת מחשבים ותוכנה למחלקה להנדסת חשמל, ולחוג למדעי המחשב. ואכן, סטודנט שיתחיל את לימודיו באחד משלושת התחומים וירצה לעבור לאחר, ימצא שהדבר קל למדי, במיוחד בשנתיים הראשונות. מהנדס מחשבים הוא מהנדס המתמחה במבנה הפיזי של המחשב, כלומר – בחומרה של המחשב, בציוד האלקטרוני המרכיב אותו (כמו מעגלים אלקטרוניים, מיקרו-מעבדים, זיכרון המחשב וכו').
עיקר עיסוקו הוא בהגדרת מבנה המחשב, ובהתאמתו לצרכים הספציפיים שבעבורם הוא מיוצר. לכן, מהנדס מחשבים עוסק בתוכנה ובתכנות, רק במקרה שהתוכנה נוגעת באופן כלשהו לחומרה של המחשב; במקרה זה יעסוק בכתיבת קוד תוכנה להפעלת החומרה של המחשב במגוון אפשרויות ההפעלה. לעומתו, מהנדס תוכנה עוסק בתכנון ובפיתוח של תוכנות מחשב. להבדיל ממתכנת, שלמד מדעי המחשב, מהנדס התוכנה אינו עוסק בכתיבת תוכנות חיצוניות למחשב (כמו מעבד תמלילים או משחקים למיניהם), אלא יותר בתכנון ובכתיבה של התוכנות המפעילות את המחשב והקשורות לתחום של פנים המחשב – גודל הזיכרון, הקומוניקציה בין חלקי המחשב השונים, ותכונות פנימיות אחרות של המחשב.
הגבול בין הנדסת תוכנה להנדסת מחשבים מטושטש למדי, ומוסדות רבים מלמדים את שני התחומים במסגרת אותו חוג הלימוד. הלימודים לתואר ראשון בהנדסת מחשבים ובהנדסת תוכנה נמשכים ארבע שנים. לאחר סיום הלימודים יכולים הבוגרים להירשם בפנקס המהנדסים, בלי צורך בהכשרה נוספת. כיום, רוב המכללות וכל האוניברסיטאות מציעות תואר BSc (בוגר במדעים) כאשר חלק מהמכללות עוד מציעות תואר BTech (בוגר בטכנולוגיה). באופן עקרוני, BSc מעיד על רמת לימודים מעמיקה ומדעית יותר. בסקר גילינו שאין זה תמיד כך, ושתכופות מוסדות השואפים לשדרוג, מעלים באופן דרסטי את רמת הדרישות לפני קבלת ההכרה ב-BSc, אך משחררים קצת את החבל לאחר קבלת ההסמכה. כך שבמקרים מסוימים בוגרי BTech עשויים לצאת עם השכלה טובה לא פחות מזו של עמיתיהם בעלי ה-BSc. ההבדל שאינו ניתן להכחשה בין שני התארים הוא, שעם BTech אי אפשר להמשיך לתואר שני מדעי (MSc), אלא רק לתואר שני רגיל (MA). כמו הנדסת חשמל ואלקטרוניקה, גם הנדסת מחשבים והנדסת תוכנה היא "מעוז גברי" בהשכלה הגבוהה; נשים מעטות, יחסית, לומדות מקצוע זה, אם כי מספרן גדל עם הזמן. בדרך כלל, החוגים להנדסת מחשבים ותוכנה אינם חוגים תחרותיים, מהבחינה שהתלמידים אמנם שאפתנים, אך לא על חשבון אחרים.
